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    LABORATORIO DE SISTEMAS DINAMICOS Y COMPLEJIDAD

     

    El laboratorio cuanta con la siguiente infraestructura:

    • Tres mesas de concreto con cajoneras.
    • Una mesa de acero inoxidable.
    • Una mesa fenólica cuya superficie sirve como aislante.
    • Un lavabo.
    • Una estación de regadera y lavado de ojos para atender.
    • Una campana de extracción. Instrumento que sirve como barrera física entre los reactivos y el laboratorio, ofreciendo protección contra inhalaciones, derrames de sustancias peligrosas, reacciones y fuego.
    • Microscopio metalúrgico de luz reflejada. Se utiliza para comprobar la calidad y propiedades topológicas de la superficie de materiales.
    • Microscopio bilógico. Es el instrumento óptico esencial para la exploración de las células y tejidos, animales, vegetales, bacterias y hongos.
    • Cuatro Microscopios digitales. Sirven como instrumento auxiliar en la caracterización de superficies de materiales.
    • Dos Balanzas digitales de alta precisión. Estos son instrumentos de pesaje de funcionamiento no automático que utilizan la acción de la gravedad para determinar la masa de un material y preparar compuestos.
    • Unidad de purificación de agua ultra-pura.

      

    Edificio de Laboratorios. En la planta baja se localiza

    en la mitad izquierda, el Laboratorio

    de Sistemas Dinámicos y Complejidad.

    Entrada al Laboratorio

     

    Mesa de trabajo de Acero Inoxidable

     

    Mesa de trabajo fenólica

     

    De Izquierda a derecha: Balanza de alta

    precisión, bomba de vacío, horno,

    plancha de agitación y calentamiento

    Balanza de alta precisión y sonicador

     

     

     

    Estación regadera/ Lavaojos de emergencia

     

    Campana de extracción

     

     

    Microscopio óptico binocular

     

    Microscopio bilógico

     

    Unidad de purificación de agua ultra-pura

     

     

     

    Para la realización de actividades de investigación que requieren cómputo de alto desempeño, el programa cuenta con el apoyo del Laboratorio Regional de Cómputo de Alto Desempeño (LARCAD) adscrito a la Facultad de Ciencias en Física y Matemáticas de la UNACH.

    Edificio que Alberga LARCAD con el detalle

    de la instalación eléctrica de 1MW redundante

    Sistema de enfriamiento de última generación

     

    Generadores auxiliares que proporcionan suministro de energía de tal forma que el laboratorio solamente pueda parar 1.6 horas al año.

    Detalle al interior

     

    Detalle al interior

    Hardware

    • 360 servidores con procesadores. Intel Xeon (692 CPU, 2768 Núcleos, 5760 GB de RAM, 15 TFlops, 1075 TB HDD).
    • Clúster de calculo: 312 Nodos (624 CPU, 2496 Núcleos, 4992 GB de RAM, 13.3 TFlops Teórico).
    • Clúster de Almacenamiento. (/home 96 TB).
    • Clúster de Almacenamiento. (/scratch 800 TB, File System Ceph).
    • Switc. 24 switch capa 2. 14 switch capa 3.
    • Racks. 32 Racks

    Se cuenta con: Una red Ethernet Gigabit para gestión del hardware de los segmentos de la supercomputadora y el aprovisionamiento de software (Todos los nodos)

     

    Nombre del Software

    Descripción

    Corsika https://www.ikp.kit.edu/corsika/index.php Documentación https://www.ikp.kit.edu/corsika/70.php Versión Instalada 74005 74005curved 74005th 74100curved

    CORSIKA es un software de física para la simulación de extensas duchas de aire inducidas por rayos cósmicos de alta energía.

    Fluka http://www.fluka.org/fluka.php Manual http://www.fluka.org/content/manuals/online/INDEX-fluka2011.html Cursos http://www.fluka.org/fluka.php?id=courses&sub=ALL Versión Instalada 2011.2c

    FLUKA es una herramienta de propósito general para cálculos de transporte de partículas e interacciones con la materia, cubriendo una amplia gama de aplicaciones que abarcan desde protectores de acelerador de protones y electrones hasta diseño objetivo, calorimetría, activación, dosimetría, diseño de detector, sistemas accionados por acelerador, rayos cósmicos, neutrinos Física, radioterapia, etc.

    Geant4 https://geant4.web.cern.ch/ Documentación https://geant4.web.cern.ch/support/user_documentation Versión Instalada Geant4-10.1.0

    Geant4 es un conjunto de herramientas para la simulación del paso de partículas a través de la materia. Sus áreas de aplicación incluyen alta energía, física nuclear y aceleradores, así como también estudios en ciencias médicas y espaciales.

    Hawc2 http://www.hawc2.dk/ Cursos https://www.hawc2.dk/courses Manuales http://www.hawc2.dk/download/hawc2-manual Versión Instalada ape-hawc-2.01.01

    HAWC2 es un código aeroelástico destinado a calcular la respuesta de la turbina eólica en el dominio del tiempo.

    ORCA https://orcaforum.cec.mpg.de/ Notas https://orcaforum.cec.mpg.de/viewtopic.php?f=20&t=3120 Versión Instalada 3.0.3 4.0.1

    ORCA es un paquete de programa químico cuántico ab initio que contiene métodos modernos de estructura electrónica que incluyen la teoría funcional de densidad, perturbación de muchos cuerpos, clúster acoplado, métodos de multirreferencia y métodos semánticos de química cuántica. Su principal campo de aplicación es moléculas más grandes, complejos de metales de transición y sus propiedades espectroscópicas. ORCA se desarrolla en el grupo de investigación de Frank Neese. La Version Instalada gratuita está disponible solo para uso académico en instituciones académicas.

    Quantum Espresso https://www.quantum-espresso.org/ Documentación https://www.quantum-espresso.org/resources/users-manual Tutoriales https://www.quantum-espresso.org/resources/tutorials Versión Instalada 5.1.2 6.1

    Quantum Espresso es un conjunto integrado de códigos de computadora de código abierto para cálculos de estructura electrónica y modelado de materiales a nanoescala. Se basa en la teoría de densidad funcional, ondas planas y pseudopotenciales.

    ROOT https://root.cern.ch/ Documentación https://root.cern.ch/documentation Tutoriales https://root.cern.ch/tutorials Versión Instalada root-5.34.26 root-6.10.08

    ROOT es un juego de herramientas de software científico modular. Proporciona todas las funcionalidades necesarias para tratar el procesamiento de big data, el análisis estadístico, la visualización y el almacenamiento. Está escrito principalmente en C ++ pero integrado con otros lenguajes como Python y R.

    SIESTA https://departments.icmab.es/leem/siesta/ Documentación https://departments.icmab.es/leem/siesta/Documentation/index.html Tutoriales https://root.cern.ch/tutorials Versión Instalada 4.1-b1

    SIESTA es un software para realizar cálculos de estructura electrónica eficientes y simulaciones dinámicas moleculares ab initio de moléculas y sólidos. La eficiencia de SIESTA proviene del uso de conjuntos de bases estrictamente localizados y de la implementación de algoritmos de escala lineal que pueden aplicarse a sistemas adecuados. Una característica muy importante del código es que su precisión y costo pueden ajustarse en un amplio rango, desde cálculos exploratorios rápidos hasta simulaciones altamente precisas que coinciden con la calidad de otros enfoques, como los métodos de onda plana y todos los electrónicos.

    paquete Gromacs y los programas necesarios para su trabajo utilizando el entorno de computación distribuida paralela PVM basado en el sistema operativo Kubuntu 10.4 (i386) o Ubuntu 10.4 (amd64).

    GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) es un programa de alto rendimiento, de código abierto, multiplataforma utilizado para realizar la simulación de la dinámica molecular de sistemas con cientos de millones de partículas. Gromacs fue originalmente desarrollado en la Universidad de Groningen, pero por ser de código abierto ha sido reimplementado por muchos otros desarrolladores.

    Desarrollador(es) Seresco Última versión estable 1.4.5 01 de marzo de 2012 (7 años y 25 días) Género framework de aplicaciones web Programado en Java Sistema operativo Multiplataforma Licencia MPL Idiomas Español

    Aries es un marco de trabajo de código abierto orientado al desarrollo de aplicaciones web de gestión, que se caracteriza por seguir el paradigma SPI (Single Page Interface) y que está fundamentado en principios de productividad, Convención sobre Configuración (CoC), y abstracción web. Se podría enmarcar dentro de la clasificación de frameworks centrados en Java de interfaz web rica y motor javascript.

     

    Nombre del Software

    Descripción

    CMake https://cmake.org/ Documentación https://cmake.org/documentation/ Webinar https://cmake.org/webinars/ Versión Instalada 3.7.1

    CMake es una familia de herramientas de plataforma abierta y multiplataforma diseñada para desarrollar, probar y empaquetar software. CMake se utiliza para controlar el proceso de compilación del software utilizando plataformas simples y archivos de configuración independientes del compilador, y genera makefiles y espacios de trabajo nativos que se pueden usar en el entorno de compilación de su elección.

    Developer Toolset https://www.softwarecollections.org/en/scls/rhscl/devtoolset-4/ Versión Instalada 4

    Developer Toolset está diseñado para desarrolladores que trabajan en la plataforma CentOS o Red Hat Enterprise Linux. Proporciona las versiones actuales de la Colección de compiladores de GNU, el Depurador de GNU y otras herramientas de desarrollo, depuración y supervisión del rendimiento.

    GCC 6.5 released [2018-10-26] C-SKY support [2018-08-17] GCC support for C-SKY V2 processors has been added. This back end was contributed by C-SKY Microsystems and Mentor Graphics. https://gcc.gnu.org/

    La Colección de compiladores GNU (GCC) es un sistema de compilación producido por el Proyecto GNU que soporta varios lenguajes de programación. GCC es un componente clave de la cadena de herramientas GNU y el compilador estándar para la mayoría de los sistemas operativos tipo Unix. La Free Software Foundation (FSF) distribuye GCC bajo la Licencia Pública General de GNU (GNU GPL). GCC ha desempeñado un papel importante en el crecimiento del software libre, como herramienta.

    Parallel Studio XE 2015 https://software.intel.com/en-us/articles/intel-parallel-studio-xe-2015-... Documentación https://software.intel.com/en-us/parallel-studio-xe/documentation/featur... Versión Instalada 15.0.1

    Intel Parallel Studio Xe es un conjunto integral de herramientas de desarrollo que hace que sea más fácil construir y modernizar el código con las últimas técnicas en vectorización, multihilo, paralelización de varios nodos y optimización de la memoria. Permite a los desarrolladores de software C, C ++, Fortran y Python : - Crear un código más rápido: mejore el rendimiento de la aplicación que se escala en las plataformas Intel actuales y futuras.

    Oracle JDK http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/overview/index.html Documentación http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/documentation/index.html Versión Instalada jdk1.8.0_102

    Java Development Kit es un software que provee herramientas de desarrollo para la creación de programas en Java. Puede instalarse en una computadora local o en una unidad de red. En la unidad de red se pueden tener las herramientas distribuidas en varias computadoras y trabajar como una sola aplicación.

    Python https://www.python.org/ Documentación https://www.python.org/doc/ Versión Instalada 3.4.3 Versión 2.6.6 (No es necesario cargar el modulo se ejecuta por default) Versión 3 (Para utilizar el Python 3 hay que cargar el modulo)

    Python es un lenguaje de programación multiparadigma, ya que soporta orientación a objetos, programación imperativa y, en menor medida, programación funcional. Es un lenguaje interpretado, usa tipado dinámico y es multiplataforma.

     

    Nombre del Software

    Descripción

    FFTW http://www.fftw.org/ Documentación http://www.fftw.org/#documentation Versión Instalada 3.5.6

    FFTW es una biblioteca de subrutinas C para calcular la transformada discreta de Fourier (DFT) en una o más dimensiones, de tamaño de entrada arbitrario, y de datos tanto reales como complejos (así como de datos pares / impares, es decir, las transformaciones discretas de coseno / seno o DCT / DST).

    Open MPI https://www.open-mpi.org/

    El proyecto Open MPI es una implementación de interfaz de paso de mensajes de código abierto desarrollada y mantenida por un consorcio de socios académicos, de investigación y de la industria. Por lo tanto, Open MPI puede combinar la experiencia, las tecnologías y los recursos de toda la comunidad de computación de alto rendimiento para construir la mejor biblioteca de MPI disponible. Open MPI ofrece ventajas para los proveedores de sistemas y software, desarrolladores de aplicaciones e investigadores de ciencias de la computación.

    HDFS https://hadoop.apache.org/docs/current1/hdfs_design.html#Introduction

    El Sistema de archivos distribuidos de Hadoop (HDFS) es un sistema de archivos distribuidos diseñado para ejecutarse en hardware básico. Tiene muchas similitudes con los sistemas de archivos distribuidos existentes. Sin embargo, las diferencias con otros sistemas de archivos distribuidos son significativas. HDFS es altamente tolerante a fallos y está diseñado para implementarse en hardware de bajo costo. HDFS proporciona acceso de alto rendimiento a los datos de la aplicación y es adecuado para aplicaciones que tienen grandes conjuntos de datos. HDFS relaja algunos requisitos POSIX para permitir el acceso de transmisión a los datos del sistema de archivos. HDFS se creó originalmente como infraestructura para el proyecto del motor de búsqueda web Apache Nutch. HDFS es ahora un subproyecto Apache Hadoop. La URL del proyecto es http://hadoop.apache.org/hdfs/.

    NetCDF (Network Common Data Form) https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/

    NetCDF (Network Common Data Form) es un conjunto de interfaces para acceso a datos orientado a matrices y una colección de bibliotecas de acceso a datos distribuidas libremente para C, Fortran, C ++, Java y otros idiomas. Las bibliotecas de netCDF admiten un formato independiente de la máquina para representar datos científicos. Juntas, las interfaces, las bibliotecas y el formato admiten la creación, el acceso y el intercambio de datos científicos.

    The current release is 0.2.20 stable version on Jul 24, 2017. Please check the changelog file. Here is the single thread DGEMM performance result on desktop Sandy Bridge. https://www.openblas.net/

    OpenBLAS es una biblioteca BLAS optimizada basada en la versión BSD de GotoBLAS2 1.13. Por favor lea los documentos en la wiki de OpenBLAS.

    Download: scalapack-2.0.2.tgz release notes for ScaLAPACK 2.0.2 Updated: May 1, 2012 http://www.netlib.org/scalapack/

    ScaLAPACK es una biblioteca de rutinas de álgebra lineal de alto rendimiento para máquinas de memoria distribuida en paralelo. ScaLAPACK resuelve sistemas lineales densos y en bandas, problemas de mínimos cuadrados, problemas de valores propios y problemas de valores singulares. Las ideas clave incorporadas en ScaLAPACK incluyen el uso de 1._una distribución de datos de bloques cíclicos para matrices densas y una distribución de datos de bloques para matrices en bandas, parametrizable en tiempo de ejecución; 2._algoritmos de partición en bloque para garantizar altos niveles de reutilización de datos; 3._Componentes modulares de bajo nivel bien diseñados que simplifican la tarea de paralelizar las rutinas de alto nivel haciendo que su código fuente sea el mismo que en el caso secuencial.